Khó khăn đầu tiên cần phải kể đến chính là xu hướng suy thoái của nền kinh tế thế giới. Năm 2008, nền kinh tế thế giới có nhiều biến động phức tạp, lạm phát tăng cao, tốc độ tăng trưởng kinh tế giảm. Kinh tế Mỹ - nền kinh tế lớn nhất thế giới - cũng suy giảm nghiêm trọng, chỉ tăng 1,5 - 2,7%. Nhiều quốc gia đã và đang phải điều chỉnh mục tiêu tăng trưởng kinh tế. Chính sự suy giảm này đã khiến nhu cầu vận tải bằng đường biển giảm mạnh, tình trạng thừa tàu xuất hiện. Bằng chứng cụ thể nhất là mới đây, Chính phủ Trung Quốc đã cắt giảm đơn đặt hàng đóng 80 tàu chở hàng.

Khó khăn lớn thứ 2 với ngành vận tải biển là việc giá dầu không ổn định và vẫn ở mức cao. Trên thực tế, chi phí nhiên liệu chiếm trên 40% giá thành vận tải biển. Tàu càng to, càng hiện đại, tiêu hao nhiên liệu càng lớn. Giá dầu thô trên thị trường thế giới quý I/2008 đã tăng 40% so với giá bình quân năm 2007. Hiện tại, giá dầu đã giảm chút ít, tuy nhiên theo dự báo, giá dầu thô có thể lên đến 150 USD/thùng. Đáng nói hơn, giá nhiên liệu tăng trong bối cảnh tốc độ tăng trưởng kinh tế suy giảm, nhu cầu về vận tải biển giảm. Đây chính là nguy cơ lớn mà các chủ tàu trên toàn thế giới, không riêng gì các chủ tàu Việt Nam phải đối mặt.

Sỹ quan, thuyền viên - linh hồn của đội tàu biển - của chúng ta vừa thiếu lại vừa yếu là một khó khăn không mới nhưng luôn nóng của ngành vận tải biển. Ước tính, chúng ta sẽ thiếu hụt khoảng 800 thuyền viên vào năm 2010. nếu tính cả số sĩ quan tham gia vào thị trường xuất khẩu thì con số này sẽ không dưới 1000 người. Tình trạng này đã khiến nhiều doanh nghiệp của ta phải thuê sĩ quan, thuyền viên nước ngoài với mức lương cao hơn hẳn. Thuyền viên đã thiếu, thuyền viên lại còn rất yếu về chất lượng. Sỹ quan thuyền viên của ta phần lớn yếu về khả năng thực hành và ngoại ngữ. Ngoài ra, còn không ít thuyền viên thiếu sự cần mẫn trong công việc…

Một khó khăn lớn xuất phát từ nội tại của đội tàu biển chính là vấn đề chất lượng đội tàu biển. Như trên đã nói, mặc dù chất lượng đội tàu biển Việt Nam những năm gần đây đã có những tiến bộ đáng kể nhưng nhìn chung vẫn chưa đáp ứng được những yêu cầu ngày càng cao về kỹ thuật, những yêu cầu của công ước quốc tế về hàng hải. Đội tàu già, chất lượng còn thấp đã khiến Việt Nam loay hoay mãi mà chưa thoát ra khỏi danh sách 10 nước có số tàu biển bị lưu giữ nhiều nhất cũng như vẫn “chễm trệ ngồi” trong danh sách đen của Tokyo MOU. Điều này không chỉ gây thiệt hại cho chủ tàu của ta mà còn làm ảnh hưởng đến uy tín, năng lực cạnh tranh của đội tàu biển quốc gia.

Khó khăn cuối cùng cũng là một khó khăn lớn của ngành vận tải biển Việt Nam chính là sẽ phải đương đầu với sự cạnh tranh quốc tế ngày càng gay gắt hơn. Việt Nam đã cam kết lộ trình mở cửa dịch vụ hàng hải khi gia nhập Tổ chức thương mại thế giới WTO. Cuối năm 2007, chúng ta cũng đã ký tuyên bố chung về lộ trình hội nhập vận tải biển khối ASEAN. Việt Nam cũng đã ký cam kết biến ASEAN trở thành cộng đồng kinh tế ASEAN vào năm 2015. Mặc dù vận tải biển Việt Nam luôn được coi là ngành hội nhập và đối mặt với cạnh tranh quốc tế sớm so với nhiều ngành kinh tế khác, tuy nhiên, khi có sự hiện diện quốc tế về hàng hải tại Việt Nam thì mức độ cạnh tranh sẽ gay gắt hơn, quyết liệt hơn rất nhiều.